Search in sources :

Example 1 with VirologischerBefundComposition

use of org.ehrbase.fhirbridge.ehr.opt.virologischerbefundcomposition.VirologischerBefundComposition in project fhir-bridge by ehrbase.

the class VirologischerBefundCompositionConverter method convertInternal.

@Override
public VirologischerBefundComposition convertInternal(@NonNull Observation resource) {
    VirologischerBefundComposition composition = new VirologischerBefundComposition();
    VirologischerBefundBundle virologischerBefundBundle = new VirologischerBefundBundle(resource);
    Observation observation = virologischerBefundBundle.getVirologischerBefund();
    DiagnosticReport diagnosticReport = virologischerBefundBundle.getDiagnosticReport();
    observation.setSpecimenTarget(virologischerBefundBundle.getSpecimen());
    mapStatus(composition, diagnosticReport);
    mapFallIdentifikation(diagnosticReport).ifPresent(composition::setFallidentifikation);
    composition.setBefund(new VirologischerBefundObservationConverter().convert(observation));
    return composition;
}
Also used : Observation(org.hl7.fhir.r4.model.Observation) DiagnosticReport(org.hl7.fhir.r4.model.DiagnosticReport) VirologischerBefundComposition(org.ehrbase.fhirbridge.ehr.opt.virologischerbefundcomposition.VirologischerBefundComposition)

Example 2 with VirologischerBefundComposition

use of org.ehrbase.fhirbridge.ehr.opt.virologischerbefundcomposition.VirologischerBefundComposition in project fhir-bridge by ehrbase.

the class VirologischerBefundIT method testMapping.

@Override
public void testMapping(String resourcePath, String paragonPath) throws IOException {
    Bundle bundle = (Bundle) super.testFileLoader.loadResource(resourcePath);
    VirologischerBefundConverter virologischerBefundConverter = new VirologischerBefundConverter();
    Observation observation = virologischerBefundConverter.convert(bundle);
    VirologischerBefundCompositionConverter virologischerBefundCompositionConverter = new VirologischerBefundCompositionConverter();
    VirologischerBefundComposition mappedVirologischerBefundComposition = virologischerBefundCompositionConverter.convert(observation);
    Diff diff = compareCompositions(getJavers(), paragonPath, mappedVirologischerBefundComposition);
    assertEquals(0, diff.getChanges().size());
}
Also used : VirologischerBefundCompositionConverter(org.ehrbase.fhirbridge.ehr.converter.specific.virologischerbefund.VirologischerBefundCompositionConverter) Diff(org.javers.core.diff.Diff) Bundle(org.hl7.fhir.r4.model.Bundle) VirologischerBefundConverter(org.ehrbase.fhirbridge.fhir.bundle.converter.VirologischerBefundConverter) BefundObservation(org.ehrbase.fhirbridge.ehr.opt.virologischerbefundcomposition.definition.BefundObservation) Observation(org.hl7.fhir.r4.model.Observation) VirologischerBefundComposition(org.ehrbase.fhirbridge.ehr.opt.virologischerbefundcomposition.VirologischerBefundComposition)

Example 3 with VirologischerBefundComposition

use of org.ehrbase.fhirbridge.ehr.opt.virologischerbefundcomposition.VirologischerBefundComposition in project fhir-bridge by ehrbase.

the class VirologischerBefundIT method testMappingQuantity.

public void testMappingQuantity(String resourcePath, String paragonPath) throws IOException {
    Bundle bundle = (Bundle) super.testFileLoader.loadResource(resourcePath);
    VirologischerBefundConverter virologischerBefundConverter = new VirologischerBefundConverter();
    Observation observation = virologischerBefundConverter.convert(bundle);
    VirologischerBefundCompositionConverter virologischerBefundCompositionConverter = new VirologischerBefundCompositionConverter();
    VirologischerBefundComposition mappedVirologischerBefundComposition = virologischerBefundCompositionConverter.convert(observation);
    Diff diff = compareCompositions(getJavers(), paragonPath, mappedVirologischerBefundComposition);
    assertEquals(0, diff.getChanges().size());
}
Also used : VirologischerBefundCompositionConverter(org.ehrbase.fhirbridge.ehr.converter.specific.virologischerbefund.VirologischerBefundCompositionConverter) Diff(org.javers.core.diff.Diff) Bundle(org.hl7.fhir.r4.model.Bundle) VirologischerBefundConverter(org.ehrbase.fhirbridge.fhir.bundle.converter.VirologischerBefundConverter) BefundObservation(org.ehrbase.fhirbridge.ehr.opt.virologischerbefundcomposition.definition.BefundObservation) Observation(org.hl7.fhir.r4.model.Observation) VirologischerBefundComposition(org.ehrbase.fhirbridge.ehr.opt.virologischerbefundcomposition.VirologischerBefundComposition)

Aggregations

VirologischerBefundComposition (org.ehrbase.fhirbridge.ehr.opt.virologischerbefundcomposition.VirologischerBefundComposition)3 Observation (org.hl7.fhir.r4.model.Observation)3 VirologischerBefundCompositionConverter (org.ehrbase.fhirbridge.ehr.converter.specific.virologischerbefund.VirologischerBefundCompositionConverter)2 BefundObservation (org.ehrbase.fhirbridge.ehr.opt.virologischerbefundcomposition.definition.BefundObservation)2 VirologischerBefundConverter (org.ehrbase.fhirbridge.fhir.bundle.converter.VirologischerBefundConverter)2 Bundle (org.hl7.fhir.r4.model.Bundle)2 Diff (org.javers.core.diff.Diff)2 DiagnosticReport (org.hl7.fhir.r4.model.DiagnosticReport)1