Examples with GMRFTestLikelihood dr.evomodel.coalescent.GMRFTestLikelihood used on opensource projects

Example 1 with GMRFTestLikelihood

use of dr.evomodel.coalescent.GMRFTestLikelihood in project beast-mcmc by beast-dev.

the class GMRFTestLikelihoodParser method parseXMLObject.

public Object parseXMLObject(XMLObject xo) throws XMLParseException {
    XMLObject cxo = xo.getChild(GMRFSkyrideLikelihoodParser.POPULATION_PARAMETER);
    Parameter popParameter = (Parameter) cxo.getChild(Parameter.class);
    cxo = xo.getChild(GMRFSkyrideLikelihoodParser.PRECISION_PARAMETER);
    Parameter precParameter = (Parameter) cxo.getChild(Parameter.class);
    cxo = xo.getChild(INTERVAL_PARAMETER);
    Parameter intervalParameter = (Parameter) cxo.getChild(Parameter.class);
    cxo = xo.getChild(SUFFSTAT_PARAMETER);
    Parameter statParameter = (Parameter) cxo.getChild(Parameter.class);
    cxo = xo.getChild(GMRFSkyrideLikelihoodParser.LAMBDA_PARAMETER);
    Parameter lambda = (Parameter) cxo.getChild(Parameter.class);
    cxo = xo.getChild(GMRFSkyrideLikelihoodParser.BETA_PARAMETER);
    Parameter betaParameter = (Parameter) cxo.getChild(Parameter.class);
    DesignMatrix designMatrix = (DesignMatrix) xo.getChild(DesignMatrix.class);
    return new GMRFTestLikelihood(popParameter, precParameter, lambda, betaParameter, designMatrix, intervalParameter, statParameter);
}